Có những quy tắc giao thông chi tiết cho kênh đào. Mỗi tàu lớn đi qua được phân loại vào một trong sáu nhóm phương tiện tùy theo kích thước. Các tàu lớn hơn bắt buộc phải chấp nhận người lái tàu chuyên môn qua kênh đào, và trong một số trường hợp phải có sự hỗ trợ của một tàu kéo. Hơn nữa, có các quy định liên quan đến các tàu đang đi và đang đến. Các tàu lớn hơn có thể được yêu cầu phải bỏ neo tại các cọc buộc thuyền để cho phép tàu đang tới di chuyển.

Tuy nhiên, nhiều du thuyền hiện đại không thể đi qua kênh đào này do vượt giới hạn cho phép dưới gầm cầu, MS Norwegian Dream có các ống khói và cột buồm (cột cờ, cột ăngten) đặc biệt và có thể được hạ xuống trong khi đi quan kênh đào. Minerva của Swan Hellenic, tàu Balmoral của Fred Olsen Cruises, Regatta của Oceania Cruises, và MS Prinsendam của Holland America Line cũng có thể đi qua kênh đào.

Tàu Gorch Fock của Hải quân Đức được thiết kế để có thể hạ thấp cột buồm (thành bậc), đặc biệt là để cho tàu có thể đi qua kênh đào Kiel, nếu không con tàu sẽ quá cao đối với các cầu bắc qua kênh.